O pai de Neji, Hyuuga Hizashi, e o tio de Neji, Hyuuga Hiashi, são irmãos gêmeos, só que Hiashi nasceu primeiro, logo foi para a família principal do clã Hyuuga e o pai de Neji para a secundária. Neji cresceu aprendendo a dificuldade do clã secundário. Um dia aparece um ninja com uma mensagem do Raikage do vilarejo escondido do Trovão querendo selar a paz entre Konoha e seu país. Na verdade, esse ninja tinha uma outra missão: sequestrar Hyuuga Hinata (que por coincidência completava seus quatro anos) para descobrir o segredo do Byakugan. Ele foi descoberto e morto. O Raikage ameaçou o Hokage, Sarutobi, de que iria iniciar uma guerra por causa desse ocorrido, porém ele ficaria quieto se recebesse algo: o corpo do líder do clã Hyuuga, Hyuuga Hiashi. O Hokage conversou com os líderes do clã Hyuuga, que concordaram. Só que sem Hiashi saber, seu irmão gêmeo, Hyuuga Hizashi, pai de Neji, aceitou ficar no lugar dele. Hiashi implorou que Hizashi não fizesse isso, mas Hizashi disse "eu não faço isso por você e sim apenas por poder escolher meu destino". Como Hizashi era da família secundária ele tinha um selo que lacrava o Byakugan assim que ele morresse. Como os dois irmãos eram iguais, o corpo foi mandado. Tudo acabou bem entre os dois vilarejos.
